Fondation
Vers 1048, des marchands originaires de la république d'Amalfi obtinrent des califes fatimides d'Égypte une licence pour fonder à Jérusalem une église dédiée à la Vierge Marie et pour bâtir un nouvel hôpital dédié a saint Jean Baptiste sur les ruines d'une institution précédente fondée dit-on par Charlemagne. Certains des ces marchands amalfitains, dont le chef était le bienheureux Gérard, prirent l'habit religieux en adoptant comme emblème une croix blanche à huit pointes. Lorsque Godefroy de Bouillon arriva à Jérusalem en 1099 lors de la première croisade il y trouva donc l'église et le xenodochium des moines hospitaliers.

Le bienheureux Gérard

Le 15 février 1113, le Pape Pascal II envoya à Gérard la bulle Pie Postulatio Voluntatis qui concédait différents privilèges à cette véritable " Maison de Dieu " qui était ainsi placée sous la protection directe du pontif. Cette bulle est considérée comme la charte de fondation de l'Ordre. Le successeur de Gérard, le bienheureux Raimond de Puy, qui fut le premier à utiliser le titre de Maître, établi la première règle complète de l'Ordre, qui fut autorisée par le Pape Calixte II.

Sancha d'Aragon
Presque simultanément surgit à Jérusalem, sous l'initiative de la Vénérable Agnès d'Alix, une communauté féminine qui partageait la même spiritualité des frères hospitaliers et la même vocation pour l'assistance aux femmes malades qui étaient venues en pèlerinage. Cependant la tradition considère comme fondatrice de la branche féminine de l'Ordre de Saint Jean de Jérusalem la Reine Sancha d'Aragon, épouse du Roi Alphonse II, qui fit sa profession religieuse dans le monastère de Sijena et donna à ce monastère un règle spécifique qui fit des "Dames Commandeurs" de Saint Jean (comendadoras en espagnol) l'âme contemplative de l'Ordre de Malte. La règle de Sijena inspira par la suite la création d'autres communautés féminines dans le reste du monde.

Religieuses de Saint-Jean avec les Chevaliers de l'Ordre (vers 1930)