Fondazione
Attorno al 1048, alcuni mercanti originari della repubblica di Amalfi ottennero dai califfi fatimidi di Egitto una licenza per fondare a Gerusalemme una chiesa dedicata alla Beata Vergine Maria e per costruirvi accanto un nuovo ospedale dedicato a San Giovanni da erigersi sopra le rovine di una precedente istituzione che si diceva costruita da Carlomagno. Alcuni di questi mercanti, con a capo il beato Gerardo, presero l'abito religioso adottando come emblema una croce bianca a nove punte. Così quando poi Goffredo di Buglione giunse a Gerusalemme nel 1099 nel corso della prima crociata vi trovò la chiesa e lo xenodochium dei monaci ospedalieri.

Il Beato Gerardo

Il 15 febbraio 1113 il papa Pasquale II inviò al beato Gerardo la bolla "Pie postulatio voluntatis" che concedeva diversi privilegi a questa autentica "casa di Dio", che veniva così posta sotto la protezione diretta del pontefice. Questa bolla è considerata come la carta di fondazione dell'Ordine. Il successore di Gerardo, il beato Raimondo du Puy che fu il primo ad utilizzare il titolo di "maestro", stabilì la prima regola completa dell'Ordine, che fu autorizzata da papa Callisto II.

Sancha d'Aragona
Nello stesso periodo sorse a Gerusalemme, ad iniziativa della venerabile Agnès d'Alix, una comunità femminile che condivideva la stessa spiritualità dei frati ospedalieri e la medesima vocazione per l'assistenza alle donne malate che erano venute in pellegrinaggio in Terrasanta. Ciò nonostante, la tradizione considera come fondatrice della branca femminile dell'Ordine di San Giovanni di Gerusalemme la regina Sancha d'aragona, moglie di Alfonso II, la quale fece la professione religiosa nel monastero di Sijena e diede a quel monastero una regola specifica che fece delle "Comendadoras" di San Giovanni l'anima contemplativa dell'Ordine di Malta. La regola di Sijena ispirò in seguito la creazione di altre comunità femminili nel resto del mondo.

Monache di San Giovanni con i Cavalieri dell'Ordine (1930 circa)